Titta på användningen av CNAME. Att få användare att skapa anpassade CNAME:er på sina DNS-poster och låta din webbplats försöka komma åt dessa är ett sätt att verifiera ägandet av en domän.
En annan skulle vara lite mer arbete, men att få användare att lägga till en metatagg på sin webbplats, och återigen få din sida att försöka komma åt och läsa denna metainformation för att bevisa att de har tillgång till sidan - På så sätt verifierar ägandet.
UPPDATERING:
dns-get-record
Se HÄR för PHP-dokumentation om att hämta och kontrollera DNS-posterna (CNAME är en av dessa)