Jag har precis ägnat en timme åt samma problem; Du gjorde förmodligen samma stavfel som jag.
Problemet för mig låg i .yml schemadefinition. I avsnittet där jag definierade relationerna mellan mina tabeller hade jag denna målenhet:
targetEntity: mlEmailNotif
istället för
targetEntity: MlEmailNotif
Så det gemena 'm' gör att doktrinen skapar ett nytt alias för en ny tabell (php-jämförelsen är skiftlägeskänslig).