Jag har haft det här problemet förut. ConnectTimeout-egenskapen gäller endast för timeouts som uppstår vid anslutning till databasen, inte för frågor.
CommandTimeout anger dock hur länge det ska vänta på att frågan ska återkomma. Jag tror att standarden är 30 sekunder. Dubbelkolla dokumentationen för ditt MySql-bibliotek, men för SqlCommand är CommandTimeout i sekunder, inte millisekunder.