"ALTER TABLE"-biten måste komma först, och sedan måste varje del separeras med ett kommatecken:
ALTER TABLE gitags_items
DROP PRIMARY KEY,
ADD COLUMN id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT FIRST,
ADD PRIMARY KEY (id,component,tag_id,item_id);
men jag är inte säker på om du kan släppa och skapa en primärnyckel i samma påstående.