Jag vet inte varför det plötsligt går långsammare, men jag rekommenderar att du konverterar till en join, som borde fungera bättre:
SELECT t.*
FROM temp_company t
LEFT JOIN company c ON c.number = t.number
WHERE c.number is null
Detta är ett ganska vanligt sätt att hantera en not in (...)
via en join, och fungerar eftersom yttre joins som inte match har nollvärden i den sammanfogade tabellens kolumner.