Hur kan jag slå samman två tabeller på flera kolumner i CakePHP 3?

Ja det är möjligt. Använd bara arrayer för att uttrycka kolumnerna som ska matchas:

$this->belongsTo('Things', [
    'bindingKey' => ['key1', 'ke2'],
    'foreignKey' => ['fk1', 'fk2']
]);

Det kommer att matcha key1 = fk1 och key2 = fk2