Du stöter på timeoutproblem och för många anslutningar. Försök att sänka din wait_timeout och kanske interactive_timeout.
Jag vet inte om du använder PDO (rekommenderas från alla inlägg jag har sett här), men försök göra MySQL-anslutningen till en beständig sådan så att den inte behöver öppna nya anslutningar för varje uppdatering.