Jag stötte på ett liknande problem nyligen där CREATE TEMPORARY TABLE kom till en betydande kostnad på grund av kontinuerlig återanvändning. Jag använde också lösningen som Barranka beskriver (skapa en gång och trunkera när det är klart eller före återanvändning).
För att öka prestandan ännu mer använde jag InnoDB-tabeller som skapades på en RAM-disk (ramfs). Detta ger alla fördelar med InnoDB-lagringsmotorn med mycket liten IO-kostnad. Detta är en bättre lösning än att använda lagringsmotorn MEMORY som, enligt Oracle-support, endast är tillgänglig för äldre applikationer och inte har förbättrats eller utökats på ett tag.