Hur definierar man JPA Repository Query med en Join?

Du behöver inte ON-klausuler i JPA, eftersom JPA redan vet hur entiteter associeras tack vare mappningsannoteringarna.

Dessutom väljer du application , som inte är ett alias som definierats i din fråga.

Och dina kopplingar är meningslösa.

Frågan ska helt enkelt vara

select application FROM Application a
join a.customer c 
join c.users u
where u.id = :userId

Läs Hibernate-dokumentationen för att förstå hur HQL och anslutningar fungerar.