Det är en traditionell begränsning av MySQL Workbench. Du kan inte öppna 2 modeller samtidigt i en enda instans av MySQL Workbench. På vissa plattformar (som Windows) kan du dock öppna flera instanser (var bara försiktig när du ändrar inställningar, anslutningar etc. eftersom de delas mellan alla instanser, sista spara vinner).
I Windows kanske du måste aktivera flera instanser först genom att ändra inställningen under Edit > Preferences > Others (tab) :
