Ok jag löste det. Jag satte manuellt mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar
i min sdk-mapp:
file:///opt/appengine-java-sdk-1.6.0/lib/impl/
Feländringar i en mer bekväm:
java.sql.SQLException: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Tack för förslagen dock