Prova detta:
...
ON DUPLICATE KEY UPDATE
rFormat=VALUES(rFormat),
rFiles=IF(ISNULL(rFiles), VALUES(rFiles), VALUES(rSizeMB)),
rText=VALUES(rText);
Jag har inte använt mer avancerade MySQL-grejer (som IF) på ett tag, så jag är inte positiv till detta, men det borde vara rätt. Nyckeldelen är att ställa in rFiles till värdet som returneras av IF.