Det jag brukar göra är att lagra varje ALTER TABLE uttalande körs på utvecklingstabellen/-tabellerna, och tillämpa dem på måltabellen/-tabellerna när det behövs.
Det finns mer sofistikerade sätt att göra detta (som strukturjämförelseverktyg och sådant), men jag tycker att denna praxis fungerar bra. Att göra detta manuellt steg för steg hjälper också till att förhindra oavsiktlig ändring eller förstörelse av data genom strukturella förändringar som ändrar ett fälts typ eller maximala längd.