InnoDB har funnits sedan MySQL 4.0 och kompilerats i de flesta utgåvor förutom några speciella - som det som ges till OEM-leverantörer.
Vissa (mycket billiga) värdleverantörer väljer att inaktivera det eftersom det använder lite mer minne. För det mesta är de dock i minoritet, så du borde inte behöva oroa dig.
Formuleringen "standardlagringsmotor" borde inte heller behöva bekymra dig. Det betyder bara vad som händer när du inte anger en. dvs.
CREATE TABLE my_table (a int);
- instead of -
CREATE TABLE my_table (a int) ENGINE=INNODB;
Om du återställer från mysqldump kommer den att behålla ENGINE-informationen. Om InnoDB inte existerar kommer MySQL automatiskt att ersätta MyISAM (såvida du inte ändrar standardläget sql_mode för att undvika denna substitution).