Frågan är gammal, men den kan vara till hjälp för någon.
Om loadClassMetada anropade varje gång verkar det som problemet i din kod. Men jag antar att metadata cachelagras av doktrin. I så fall kan du ändra det direkt, titta på följande kodavsnitt, det borde fungera:
<?php
class FooController extends Controller {
function fooAction() {
$em = $this->getDoctrine()->getEntityManager();
$cm = $em->getClassMetadata('FooBundle:FooEntity');
$cm->setTableName('special_table_name');
$repo = $em->getRepository('FooBundle:FooEntity');
$entities = $repo->createQueryBuilder('f')
->setMaxResults(1)
->orderBy('f.id', 'desc')
->getQuery()
->getResult();
return new Response('');
}
}