Har du funderat på att använda "IN"-klausulen på MySQL?https://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/comparison-operators.html#function_in
Du skulle förmodligen ha något i stil med:
$query = "SELECT * FROM ".$wpdb->usermeta." WHERE meta_key='company' AND meta_value IN ('".implode("', ', $brand)."')";
(redigera: glömde att lägga till parentesen runt "i"-innehållet)