Det bästa du kan göra är att bara inkludera de 2 kolumnerna som inte ökar automatiskt i CSV-filen och sedan uttryckligen ställa in ID-kolumnen till NULL i laddningsdatainfile-satsen.
Något så här:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv'
INTO TABLE your_table
FIELDS TERMINATED BY ','
(AField, BField)
SET ID = NULL;