Vilken primärnyckel använde du?
InnoDB använder klustrade index så att alla data är i samma ordning som dess primära nyckelindex.
om du inte använder primärnyckel av typen auto-increment, gör den stora diskoperationer för varje insättning. den skickar all annan data och infogar ett nytt element.
För längre referens, försök kolla http:/ /dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/innodb-table-and-index.html