Jag hittade äntligen lösningen. Spara sh-filen tillgänglig påhttps://gist.github.com/943776 och kör"./mysql2sqlite.sh DBNAME --databases DBNAME -u DB_USERNAME -pDB_PASSWORD | sqlite3 database.sqlite
"(utan citat och med "`") i php-fil. Spara båda filerna i en mapp