Du frågade detta för länge sedan, så det kanske inte längre är relevant för dig, men jag kommer att inkludera ett sätt att göra detta här för att gynna andra.
I Workbench öppnar du dina anslutningsegenskaper. På fliken Anslutning väljer du fliken Avancerat. Där lägger du till följande två alternativ i avsnittet Övriga (ändra självklart platsen för readDefaultFile till platsen för din my.ini).
readDefaultFile=C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.7\my.inireadDefaultGroup=klient
Nu öppnande anslutningar bör läsa klientdelen från den my.ini efter behov.