MySQL-fråga med JOIN som inte använder INDEX

Inte helt säker men överväg att flytta villkoret från WHERE villkor för att JOIN ON skick eftersom du utför en yttre sammanfogning (LEFT JOIN ) det gör skillnad i prestanda till skillnad från inner join där villkoret är på where eller join on klausul är likvärdig.

SELECT COUNT(1) AS clicks 
FROM clicks AS c 
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id 
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00' 
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');