Detta fel har ingenting att göra med php.ini, det är helt klart ett felmeddelande från DBMS.
Du kan öka värdet på max_allowed_packet i filen my.cnf:
[mysqld]
max_allowed_packet = 128M
Efter att ha startat om din mysqld borde det fungera (för större data öka värdet mer)
Om du försöker "importera med kitt", antar jag att du använder mysql från kommandoraden, i det här fallet kan du starta mysql med parametern --max_allowed_packet, t.ex.:
mysql --max_allowed_packet=128M -u root -p sampledb < dump.sql
Alternativt om du hämtar filen från en pågående mysql-session kan du ställa in parametern genom att:
set global max_allowed_packet=128M;
Endast sista exemplet är effektivt till nästa omstart av mysqld, för en permanent lösning håll dig till mitt första exempel.