Beteendet du visade ovan i 5.5 var faktiskt en bugg. Detta fixades 5.6.11. Kolla in releasekommentarer för 5.6 .11 allra längst ner. Det var en del av buggar 68472 och 16394472 (som jag faktiskt inte kan hitta en länk till).
Om du ändrar explicit_defaults_for_timestamp flagga av, det SKA fungera som det gjorde i 5.5
Detta var exakt samma problem som jag hade med vår DB när vi uppdaterade från 5.5 till 5.6.