Jag håller med cgwyllie att du ska skriva en webbtjänst som fungerar som ett API till din databas med metoder som returnerar JSON (eller XML).
Webservicemetoderna kan sedan anropas från ditt PhoneGap-projekt (jag skulle rekommendera att ta en titt på jquery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
Jag skulle bara skriva webbtjänsten i PHP eller vilket språk du är bekant med.