Eftersom Docker container overhead inte är betydande och försumbar här, handlar frågan mer om arkitektur i ett mikroserviceparadigm.
Prestanda är verkligen en komplex fråga och det finns inga allmänna råd, men kanske kan följande hjälpa dig:
Personligen tvivlar jag på att man i början av projektet bör försöka lösa alla möjliga prestandaproblem i förväg (#MVP , #agil )Rätta mig dock, men det verkar som att du inte har många resurser (en värd?) och vill vara sparsam med dessa resurser i förväg.
Ok, vad är ditt största bekymmer nu?
RAM är ett problem
Sedan att ha två samtidiga MySQL-instanser på samma värd är kanske inte så bra (men inte ett problem för olika inställningar)
För en värd skulle jag föreslå att börja använda en databasbehållare men skapa olika scheman. Det kan innebära ytterligare arbete med standardbehållare (https://forums.docker.com/t/multiple-databases-in-official-mysql-container/8324 )
Andra bekymmer
Jag skulle inte bry mig så mycket nu och börja med separata databaser från början. Att kunna separera dina tjänster horisontellt mot databaserna är ett stort värde! Jag skulle inte vilja försvaga detta designbeslut på grund av mycket teoretiska framtida prestandaproblem.