Din nuvarande teknik verkar tillräckligt praktisk. Bara en liten förändring.
Istället för att vänta på fel och sedan skapa kolumner en efter en, kan du bara exportera schemat, göra en skillnad och ta reda på alla saknade kolumner i alla tabeller.
På så sätt skulle det bli mindre arbete.
Din gui kommer att kunna exportera bara scheman eller så kommer följande switch på mysqldump att vara användbar för att ta reda på alla saknade kolumner.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
Att skilja mellan dbdump1.sql och dbdump2.sql kommer att ge dig alla skillnader i båda databaserna.