Jag skulle föreslå att du använder verktyget ETL (extract translate load) från Pentaho Business Intelligence paket. Det har lite av en inlärningskurva men det kommer att göra precis vad du letar efter. Deras ETL-verktyg heter Kettle och det är extremt kraftfullt när du väl får kläm på det.
Det finns två versioner av Pentaho, en företagsversion som har en gratis testversion och en gratis communityversion. Gemenskapsversionen är mer än kapabel men du kan ge företagsversionen en provkörning också.
Här är några länkar
Pentaho Community Edition-webbplats
Uppdatering:Flera tabellutgångar
Ett av nyckelstegen i din transformation kommer att vara en uppdatering av kombinationssökning . Detta steg kontrollerar en given tabell för att se om det finns en post från din dataström och infogar en ny post om den inte gör det. Oavsett om det är en ny eller gammal post kommer den att lägga till nyckelfältet från den posten i din dataström. När du fortsätter kommer du att använda dessa nycklar som främmande nycklar när du importerar data till relaterade tabeller.