I mitt fall dök det här felet upp specifikt med tom geometrivärden i en geometrikolumn som inte är noll.
I mitt fall var de tomma geometrierna legitima fall av okänd geometri, så jag åtgärdade detta genom att ändra kolumnen för att tillåta nollvärden och sedan köra UPDATE ... SET geom = NULL WHERE IsEmpty(geom);
Efter detta kunde jag köra mysqldump
igen och framgångsrikt importera den resulterande sql till en separat databas.
(För att vara ärlig, jag är inte säker på hur de tomma geometrivärdena kom dit från början - jag vet inte ens syntaxen för att skapa ett tomt geometrivärde)