Beroende på vilken metod du föredrar att modifiera PHP-variabler (Apaches config, .htaccess), ändra session.cookie_domain-värdet till ett konsekvent värde.
Jag har flera underdomäner, och varje VirtualHost-sektion i Apache-konfigurationsfilen innehåller följande rad:
php_value session.cookie_domain mydomain.com
Syntaxen bör vara liknande om du gör ändringarna i en .htaccess-fil.
Uppdaterad för bobert5064s kommentar:
För flera domäner (dvs. domain1.com, domain2.org) tror jag att det bara är nödvändigt att välja ett gemensamt domännamn (dvs. domain1.com). Jag har aldrig provat detta, så jag kan inte verifiera att det fungerar, men logiken verkar korrekt.
Det finns också en metod för att ställa in variablernas riktning i PHP som beskrivs på http://us.php.net/manual/en/function.session-set-cookie-params.php . Dokumentationen hänvisar inte till möjligheten eller oförmågan att placera cookies på en annan domän.