Jag ser att den här frågan är relativt gammal, men för säkerhets skull:
eCryptfs kan betraktas som ett filsystem, så du behöver bara montera det och sedan peka på din MySQL datadir
till den monterade katalogen. Den enda nackdelen är att den inte verkar stödja O_DIRECT, men jag tror inte att MySQL använder den, eller hur?