Ett rekommenderat sätt att hantera filnedladdningar via PHP (eller något annat skript) är att använda den så kallade "X-Sendfile"-svarshuvudet.
PHP-skriptet hanterar autentiseringen och när det väl har validerats kommer det att sätta några svarsrubriker tillsammans med en 'X-Sendfile' som säger åt webbservern att leverera en fil; skriptet slutar och webbservern tar över.
Se här för ett enkelt exempel:
http://www.jasny.net/articles/how- i-php-x-sendfile/