Se till att datakatalogen har fullständiga behörigheter för användare "Nätverkstjänst" och administratör och att du har citattecken runt namnet på katalogen om det finns mellanslag i den. Se till att basedir är inställt/inte kommenterat.
Jag testade dessa saker genom att ändra datakatalogen, vilket återskapade felet du beskriver ovan exakt, och fixade sedan behörigheterna för den nyskapade datakatalogen för att eliminera felet. Jag kan växla fram och tillbaka nu och ändra vilken datakatalog jag kommenterar. (bara som ett test, annars är det lite galet).
C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.7\my.ini Borde vara ungefär så här, med Windows 2012 R2-servern för att testa:
# Path to installation directory. All paths are usually resolved relative to
this.
basedir="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.7/"
# Path to the database root
# datadir="C:/ProgramData/MySQL/MySQL Server 5.7/Data"
datadir="d:/ProgramData/Data"