select project_id, service_id, count(*) as count
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc
Lägg bara till service_id till din group by och select lista. Det borde göra det.
REDIGERA -
Enligt kommentar från @Rajah det verkar som om du behöver använda
order by project_id asc, service_id asc