Du kan inte kombinera dem i ett kommando men du kan köra båda kommandona samtidigt och mata ut till samma fil.
mysqldump -u user -p --no-data db > structure.sql; mysqldump -u user -p db table1 table2 >> structure.sql
för att undvika att behöva ange lösenordet två gånger kan du göra -ppassword (observera utrymmesbristen!). Använd även --no-data i det första kommandot eller så hamnar du med data också. -d behövs inte när du bara gör en databas.