Möjligt att du har några stora infogningssatser som är större än din maxstorlek. Kontrollera din /etc/mysql/my.cnf-fil eller var den nu är. Kommer inte ihåg vad standarden är - men att ställa in den till något stort som nedan kan hjälpa.
Detta är ett alternativ
[mysqld]
max_allowed_packet = 16M
Och kanske åt andra hållet
[mysqldump]
max_allowed_packet = 16M