Jag skulle säga att du kan infoga flera index i egenskapen index (men jag har inte haft tid att testa det):
indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}
Hoppas detta hjälper dig