Jag är inte säker på att jag har tillräckligt med information för att kunna besvara din fråga fullständigt, men Hibernates Native Query-funktioner kanske låter dig ladda en fil på det sättet.
session.createSQLQuery("LOAD DATA INFILE :filename INTO TABLE testtable (text,price)").setString("filename", "/path/to/MyFile.csv").executeUpdate();