Lösningen till slut var enkel.
Exportera från MySQL 5.5. (exportfilen är 114 GB)
Avinstallera MySQL 5.5 (ta bort alla datafiler)
Installera MySQL 5.6
Importera data
Exportera från MySQL 5.6 (exportfilen är nu 13 GB)
Avinstallera MySQL 5.6 (ta bort alla datafiler)
Installera MySQL 5.6
Importera data