Lägg till ett index till dina tags
kolumn:
ALTER TABLE `tagname`
ADD INDEX `tags_index` (`tags` ASC) ;
EDIT:
Försök att skapa ett andra index
CREATE INDEX tags_pid_index ON tagname (tags, pid);
Ändra sedan din fråga till:
SELECT tags, COUNT(pid) as Num
FROM tagname
GROUP BY tags
ORDER BY Num DESC