Jag hade exakt samma problem. Kör kill kommandot skulle döda processen, men i mitt fall skulle det fortsätta att dyka upp igen under ett annat process-ID.
Det enda sättet jag kunde komma på hur jag skulle stoppa det för gott var detta:
sudo stop mysql
Hoppas det hjälper.
Källa:http://www.itfromscratch.com/ how-to-stop-the-percona-mysql-server/