Du kan inte ha två databaser på samma TCP-port. Ange istället portar för varje databas i den kommaseparerade listan:
-instances=project:region:db=tcp:3306,project:region:db-2=tcp:3307
Jag använde 3306 och 3307 här, men du kan använda vilka portar du vill! Se till att resten av din Container Engine-konfiguration tillåter kommunikation mellan noder på dessa portar (kanske är det sant som standard, jag använder inte GKE).
De flesta mysql-drivrutiner ansluter till port 3306 som standard men har ett sätt att ange en annan port. Du måste ordna så att din kod ansluts till den andra porten du väljer för den andra databasen.