uppdatera tabell med data från annan tabell om inte null?

Du borde bara göra uppdateringen över en sådan här koppling

UPDATE
t1 INNER JOIN t2 ON t1.variant_id = t2.variant_id
SET t1.product_code = t2.value
WHERE t2.key_id = 10
AND t2.value IS NOT NULL

Det finns ingen anledning att oroa sig för nollor i så fall eftersom den inre kopplingen endast kommer att välja rader där variant_id finns i båda tabellerna.