Det är möjligt att lägga till en MySQL-server i SQL Server som en länkad server.
När du har ställt in det kan du fråga med OPENQUERY så här:
SELECT t1.colA, t2.colB
FROM SQLdbName.dbo.tablename AS t1
INNER JOIN OPENQUERY(MySQLlinkedservername,
'SELECT colA, colB FROM tablename') AS t2
ON t1.colA = t2.colA