Ja, MySQL använder ditt index för att sortera informationen när ordningen är efter den sorterade kolumnen.
Dessutom, om du har index i alla kolumner som du har lagt till i SELECT sats, kommer MySQL inte att ladda data från själva tabellen, utan från indexet (som är snabbare).
Skillnaden mellan kombinerade och separata index är att MySQL inte kan använda mer än ett index per fråga, så om din fråga filtreras efter många kolumner och du vill ha den korrekt indexerad måste du skapa ett kombinerat index för alla kolumner.
Men innan du lägger till massor av index i dina tabeller, kom ihåg att varje index gör att infogning/uppdatering/borttagning går långsammare.
Jag skulle också starkt rekommendera High Performance MySQL bok av O'Reilly som kommer att täcka på djupet alla dessa frågor och många andra tips du behöver att veta för att verkligen kunna använda MySQL till det yttersta.