Du kan placera den var som helst, men den inställningen träder inte i kraft förrän den körs. Så om du sätter det överst, kommer skriptet aldrig att ta slut. Om du lägger ner det nedan på funktionen som kan ta ett tag, kan du få en timeout ovan om skriptet tar lång tid att komma dit du kallade det.
När du använder ini_set() det alternativet gäller under hela körningen av skriptet.