Du kan ta en titt på LADDA DATAINFIL i MySQL.
Du kanske kan göra manipulationerna när data har laddats in i MySQL, istället för att först läsa in den i PHP. Lagra först rådata i en temporär tabell med LOAD DATA INFILE, transformera sedan data till måltabellen med en sats som följande:
INSERT INTO targettable (x, y, z)
SELECT foo(x), bar(y), z
FROM temptable