Allt du gör kommer att kräva att du läser och skriver 38 m rader, så ingenting kommer att gå riktigt snabbt. Förmodligen den snabbaste metoden är förmodligen att lägga in data i en ny tabell:
create table newTable as
select id1, id2
from oldTable;
Eller, om du vill vara säker på att du bevarar typer och index:
create table newTable like oldTable;
alter table newTable drop column assocId;
insert into newTable(id1, id2)
select id1, id2
from oldTable;
Det är dock vanligtvis snabbare att släppa alla index i en tabell innan du laddar en massa data och sedan återskapa indexen efteråt.