Du undviker inte dubbletter och äpplet (eller en referens till äpplet) kommer att placeras två gånger i ditt träd annars blir det inte ett träd utan snarare en graf. Din fråga är lika tillämplig om du bygger ett... Swing JTree eller ett HTML-träd;).
Den kapslade uppsättningsmodellen är bara ett effektivt sätt att pusha och korsa en trädstruktur i en relationsdatabas. Det är inte en datastruktur i sig. Det är mer populärt bland MySQL-användare eftersom MySQL saknar funktionalitet för att bearbeta trädstrukturer (t.ex. som den som Oracle tillhandahåller).
Skål!