Jag var också tvungen att byta till PyMySQL. Jag kör pip 1.5.6, Python 2.7.8 och provade mysql-connector 2.0.1
Jag kunde köra frågan från Sequel Pro utan problem, men min Python-fråga skulle misslyckas med det fel som beskrivs i frågan efter att ha returnerat bara en delmängd av resultat.
Bytte till PyMySQL och saker fungerar som förväntat.
https://github.com/PyMySQL/PyMySQL
I virtualenv:
pip install pymysql
I koden:
import pymysql
connection = pymysql.connect(user='x', passwd='x',
host='x',
database='x')
cursor = connection.cursor()
query = ("MYQUERY")
cursor.execute(query)
for item in cursor:
print item
Definitivt en bugg i mysql-connector-python.