Enligt MySQL-dokumentationen, för att göra en korstabelluppdatering, kan du inte använda en join (som i andra databaser), utan istället använda en where-klausul:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /sv/update.html
Jag tycker att något sådant här borde fungera:
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID